A movimentação de aeronaves militares da Força Aérea Brasileira é destaque no Aeroporto Internacional de São Luís. Diariamente existem missões do 1º ETA (Esquadrão de Transporte Aéreo), conhecido como "Esquadrão Tracajá", oriundos da Base Aérea de Belém e também com destino ao Centro de Lançamento de Alcântara. Em outras missões, o aeroporto serve como ponto de apoio logístico.